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咽拭子包括鼻咽拭子和口咽拭子。多数呼吸道病毒的主要复制部位为后鼻咽部纤毛柱状上皮细胞，其次为前鼻孔和口咽部纤毛上皮细胞，因此，鼻咽拭子的病原检出率较口咽拭子高 。在操作前应向患儿及家长做好解释工作。采样者站在受检者侧方取样，且要求受检者下拉口罩只露出鼻孔，一旦出现喷嚏反射，受检者可用手肘或纸巾遮挡，取样者不在受检者正前方，暴露风险相对较低。采样人员一手轻扶被采集人员的头部，一手执拭子贴鼻孔进入，沿下鼻道的底部向后缓缓深入，由于鼻道呈弧形，不可用力过猛，以免发生外伤出血。待拭子顶端到达鼻咽腔后壁时，轻轻旋转一周，如遇反射性咳嗽，应停留片刻，然后缓缓取出拭子，将拭子头浸入含2∽3mL病毒保存液的管中。

鼻咽拭子和口咽拭子除了采样部位的区别，在材料的硬度上也不一样。鼻咽拭子一般比较细长软，能够顺着鼻腔改变形状，方便采样人员顺着鼻腔探入上呼吸道中。而口咽拭子则会比较粗、硬。在舒适度上，两者也有十分大的区别。由于鼻腔经常会有气体的交换，所以在采样时，要将拭子完全伸入到鼻腔的尽头，以确保采集到足够浓度的样本，这往往会对被采人员造成十分不适的感觉，有时甚至会造成鼻腔出血。而口咽拭子只需采集到咽部的样本，只需要被采者张口就可进行采集，虽偶尔会造成短暂作呕的感觉，但不适感不会持续过久。

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